雞糞中含有大量的微生物有害病菌，絕對不能直接施用，一定要進行深度高溫發(fā)酵。一定發(fā)酵的目的主要是兩個，一是殺滅有害病菌，一是將未充分消化的物質進行有機質化，增加實際有機質的含量。
發(fā)酵主要分兩種，一個是地面條堆發(fā)酵，一個是槽式發(fā)酵，，即將雞糞堆積好之后，然后添加適量的發(fā)酵菌種（萬分之一的用量）進行發(fā)酵，通常發(fā)酵的時間為10-15天。
經過深度發(fā)酵后的雞糞，進行粉碎。粉碎后的雞糞即可直接施用或包裝進行出售，若需要做生物有機肥還要再添加生物性菌劑--功能菌。
制成商品化的有機肥料，即執(zhí)行NY525-2012標準。按照這個標準，NPK的總含量必須大于或等于5%，有機質必須大于等于45%，水份小于等于30%，PH值在5.5-8.0。當然還有其他的要求，如五項重金屬的含量不能超標，蛔蟲卵死亡率和大腸桿菌值等都需要符合標準。
只有符合上述要求，都是合格的有機肥料。從外觀上來說，商品有機肥料分為粉狀和顆粒的兩種。如果要生產成顆粒的商品有機肥料，還需要進行造粒，有機肥料的造粒生產設備一般采用圓盤造粒的比較多，包括計量設備，化驗設備，攪拌設備，造粒設備，烘干設備，篩分設備，灌裝設備，縫包設備。