盡管堆肥系統(tǒng)不可能沒有氣味，但一個好的堆肥系統(tǒng)不應該產生不良氣味。堆肥過程中可以用鼻子覺察潛在的問題。例如，如果你聞到氨的氣味，你的混合物可能是氮含量太高（C/N比過低），應該添加一些象秸稈或木屑等物質作為碳源。如果你聞到霉味，有可能是混合物太潮濕，可以通過增加更多的填充劑來改善它。如果不改變這種狀況，太濕的堆肥有可能進行厭氧發(fā)酵，產生硫的惡臭味，這一點不容忽視。在室外堆肥中，可以充分攪動堆體以改變厭氧狀況，盡管這樣做開始會使氣味更明顯。

一個堆肥系統(tǒng)臭味的大量釋放，通常是一些重要管理因素被忽略或誤解的象征。導致臭味的常見因素有：

1）  水分含量太高

2）  孔隙度不夠

3）  培養(yǎng)基的迅速退化

4）  堆體過大

所有這些因素都使氧氣在耗盡之前難以滲入堆體內部，或者使氣流在發(fā)酵區(qū)域周圍短路，這樣就造成厭氧情況。氧氣運輸的一個機制是擴散，這是外部空氣（21% 氧）和堆體內部氧氣濃度（如果厭氧的話為0）不同的作用。在強制通風或一處鼓風的系統(tǒng)中，通過自然對流促進擴散，但這種作用一般局限于堆體上部和外部。即使是強制通風系統(tǒng)，鼓風機的作用也大大受制于通氣孔隙，因為氧氣擴散需要從大氣孔送到小氣孔以及固體微粒周圍。