在微生物分解所需的各種元素中，碳和氮是最重要的。碳氮比與堆肥溫度有關，原料碳氮比高，碳素多，氮素養(yǎng)料相對缺乏，細菌和其它微生物的生長受到限制，有機物的分解速度就慢，發(fā)酵過程就長。如果碳氮比例高，容易導致成品堆肥的碳氮比過高，這種堆肥施入土壤后，將奪取土壤中的氮素，使土壤陷入“氮饑餓”狀態(tài)，影響作物生長。若碳氮比低于20:1，可供消耗的碳素少，氮素養(yǎng)料相對過剩，則原料中的氮將變成氨態(tài)氮而揮發(fā)，導致大量的氮素損失而降低肥效。

為了使參與有機物分解的微生物營養(yǎng)處于平衡狀態(tài)，堆肥碳氮比應滿足微生物所需的比例（25～35）:1，糞便的碳氮比含量較低，應通過補加含碳量高的物料（如秸稈）來調整碳氮比。以含水率75% 的雞糞為例，按重量比，添加秸稈的比例大約為雞糞：秸稈=5:1。