究竟什么是有機肥發(fā)酵？從宏觀工藝上講，有機肥發(fā)酵可以分為地面發(fā)酵和槽式發(fā)酵。從微觀來講，有機肥的發(fā)酵分為有機質(zhì)的礦化和有機質(zhì)的腐殖質(zhì)過程，以及重金屬的轉(zhuǎn)化。

一、 有機質(zhì)的腐殖化過程

即有機質(zhì)經(jīng)分解再合成，生成更復(fù)雜的特殊有機質(zhì)-腐殖質(zhì)。兩個過程是同時進行的，但方向相反，在不同條件下，各自進行的強度有差別。

關(guān)于腐殖質(zhì)的形成過程有很多種說法，概括起來大體可分為兩個階段：

第一階段，有機殘體分解形成組成腐殖質(zhì)分子的原始材料，如多元酚、含氮有機物（氨基酸、肽等）等；

第二階段，先由微生物分泌的多酚氧化酶將多酚氧化成醌，然后醌與氨基酸或肽縮合而成腐殖質(zhì)單體。由于酚、醌、氨基酸種類很多，相互縮合的方式也不盡相同，因而形成的腐殖質(zhì)單體也就多種多樣。在不同條件下，這些單體又進一步縮合形成大小不等的分子。

二、堆肥過程中重金屬的的轉(zhuǎn)化。

微生物雖然不能降解重金屬，但通過對重金屬的轉(zhuǎn)化作用，控制其轉(zhuǎn)化途徑，可以達到減輕毒性的作用。微生物特別是細菌、真菌在重金屬的生物轉(zhuǎn)化中起重要作用。雖然有些微生物可以改變重金屬在環(huán)境中的存在狀態(tài)，使化學(xué)物毒性增強而引起嚴重的環(huán)境問題或濃縮重金屬，并通過食物鏈積累。但也有些微生物可以通過直接和間接的作用去除環(huán)境中重金屬，有助于改善環(huán)境

三、有機質(zhì)的礦質(zhì)化過程

即把復(fù)雜的有機質(zhì)分解成為簡單的物質(zhì)，最后生成二氧化碳、水和礦質(zhì)養(yǎng)分等；可為作物和微生物提供速效養(yǎng)分，為微生物活動提供能源，并為堆肥有機質(zhì)的腐殖化準備基本原料。

⑴不含氮有機物的分解  多糖化合物（淀粉、纖維素、半纖維素）首先在微生物分泌的水解酶的作用下，水解成單糖。葡萄糖在通氣良好的條件下分解迅速，酒精、醋酸、草酸等中間產(chǎn)物不易積累，最終形成CO2和H2O，同時放出大量熱能。如果通氣不良，在嫌氣微生物作用下，單糖分解緩慢，產(chǎn)生熱量少，并積累一些中間產(chǎn)物-有機酸。在極嫌氣微生物條件下，還會生成CH4、H2等還原態(tài)物質(zhì)。

⑵含氮有機物的分解  堆肥中的含氮有機物包括蛋白質(zhì)、氨基酸、生物堿、腐殖質(zhì)等。除腐殖質(zhì)外，大部分容易被分解。例如蛋白質(zhì)，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐級降解，產(chǎn)生各種氨基酸，再經(jīng)氨化作用、硝化作用而分別形成銨鹽、硝酸鹽，可以被植物吸收利用。

⑶含磷有機物的轉(zhuǎn)化  堆肥中的含磷有機化合物，在多種腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成為植物能夠吸收利用的養(yǎng)分。

⑷含硫有機物的轉(zhuǎn)化  堆肥中含硫有機物，經(jīng)微生物的作用生成硫化氫。硫化氫在嫌氣環(huán)境中易積累，對植物和微生物會發(fā)生毒害。但在通氣良好的條件下，硫化氫在硫細菌的作用下氧化成硫酸，并和堆肥中的鹽基作用形成硫酸鹽，不僅消除了硫化氫的毒害，并成為植物能吸收的硫素養(yǎng)料。在通氣不良的情況下，發(fā)生反硫化作用，使硫酸轉(zhuǎn)變?yōu)镠2S散失，并對植物產(chǎn)生毒害。堆肥發(fā)酵過程中，可以通過定時翻倒措施改善堆肥的通氣性，就能消除反硫化作用。

⑸脂類及芳香類有機物的轉(zhuǎn)化  單寧、樹脂等結(jié)構(gòu)復(fù)雜，分解較慢，其最終產(chǎn)物也是CO2和水；木質(zhì)素是含植物性原料（如樹皮、木屑等）堆肥中特別穩(wěn)定的有機化合物，它結(jié)構(gòu)復(fù)雜，含芳香核，并以多聚形式存在于植物組織中，極難分解。在通氣良好的條件下，主要通過真菌、放線菌的作用，緩慢地進行分解，其芳香核可變?yōu)轷突衔?，它是再合成腐殖質(zhì)的原料之一。當(dāng)然，這些物質(zhì)在一定條件下，還會繼續(xù)被分解的。

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